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昨日の続きで、k近傍グラフとそれらの測地線距離を求めるプログラムを作成した。
k近傍グラフが案外めんどくさかった。

これから行列計算が連発してくるわけですが、いちいちプログラムを作るのはめんどくさいなぁというわけで、楽になるものを探し中。
スイスロールのデータ生成をPythonで書きはじめた流れで、k近傍グラフ、測地線距離のプログラムもPythonで書いてしまったので、scipy辺りをインストールして使おうかと考え中。

追記

sudo port install py25-scipy

インスコ待ち中。
portsはやっぱり便利ですなぁ

SciPy Tutorial — SciPy v0.13.0 Reference Guide
固有値・固有ベクトル・固有値分解はこの辺りを参照にすればできそうだ。

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makeが終わらない、と思ってたらemobileが落ちていた…
接続し直してもmakeが終わらない。
どうしたものか。
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fftw-3のfetchでこける。
MacPortsでApache2をinstallしようとすると、エラー - Lejayの日記
を参考にs/apache/fftw-3/とすることで解決。

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なぜすでに存在するPythonを再びインスコしようとするのか…

途中でエラーをはいていたけど、もう一度installコマンドを打つと何事もなかったかのように再開した。
問題はないのだろうか？

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だめだー
splite3まわりのビルドで完全に頓挫した。
とりあえずTAの時間が近づいてきたので後で考えることにする。

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sqlite3のバージョンがおかしかったようだ。
portsのscipyで依存関係にあるのがsqlite-3.6.6だけど、とってくるのがsqlite-3.6.2なのでmakeでおかしなことになっていたもよう。

/opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_ports_databases_sqlite3/work/sqlite-3.6.2/

以下を削除して、

sudo port install sqlite3

で無事突破。
現在順調に進んでおります。
しかし、apache2とかインスコしだしたんだが、scipyに必要なのだろうか…
もはやmacportsにこだわらず、本家のサイトにある指示通りに単体で突っ込んでいったほうが早いような気がしてきた。
不必要なものが大量にインストールされている気がしてならない。

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php5までインストールしだした。
なんなんだ、いったい。
固有値を求めるために動的なwebページを作成するわけですね、分かります。

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とりあえずインスコは終わった。
scipyのビルド中にエラーがでたわけだけど、気にせず再びinstallを打つと今度はビルドがうまくいく。
なんでだろ？

非常に怪しい気がするので、ちょっとつかってからアンインストールするかどうかは考えよう。